Doc. J.Josefík byl o spolupráci požádán především proto, že jako zkušený restaurátor měl posoudit závěr, k němuž došel pplk. D.Srnec se svými spolupracovníky: podle mikroskopického pozorování a rentgenových snímků došlo v RZ v některých případech k přepsání původního písmene na písmeno jiné. Například na páté straně bylo prvé písmeno v sedmém řádku původně "p" a bylo později přepsáno na "M". Proto doc. J.Josefík podle rentgenogramů i podle přímého pozorování pod stereomikroskopem rozkreslil do fotografických zvětšenin ta písmena, která vykazovala dvě červené barvy. Rozkreslování prováděl tak, že každou barvu přenášel do samostatných fotografických zvětšenin.
Doc. Josefík rekonstruoval pravděpodobnou podobu spodního nápisu v kryptogramu a tento nález byl předložen paleografovi univ. prof. dr. Z. Fialovi, který v tomto spodním miniovém nápisu zjistil (došlo k tomu koncem června 1968) několik gotických písmen, aniž však dešifroval nápis jako celek. Bylo tedy třeba, aby se doc. Josefík pokusil (podle rentgenogramů i podle přímého pozorování pod stereomikroskopem) rekonstruovat spodní, tj. miniovou podobu všech zbytků původního písma, tedy nejen v tzv. kryptogramu. Tak vznikla řada fotografických zvětšenin jednotlivých písmen textu RZ s rekonstruovanými tahy spodního písma. Paleograf doc. dr. I. Hlaváček prohlásil o tomto spodním písmu, že je to tzv. gotická textualis formata ze 13. století. Poněvadž je toto písmo pod dnešním textem RZ, který se snaží jazykově, historicky i paleograficky vzbudit dojem, že pochází asi z 10. až 11. století, je tedy RZ podvrh.
Ve vulgátním textu žaltáře byly z uvedených čtyř iniciál nalezeny ve stejném sledu tři: C, V, D, které se v tomto pořadí vyskytují v žaltáři jen jednou. Jde o iniciály žalmů IV, V a VI. Iniciála žalmu třetího však není A, nýbrž D. Tím bylo dáno za pravdu dřívějšímu zjištění Josefíkovu, že iniciála A měla původně tvar jiného písmene, písmene s bříškem. Nový podrobný mikroskopický průzkum pak jasně prokázal, že na místě iniciály A byla původně iniciála D, která byla škrábáním a přemalováním změněna na A. Stopy původního tvaru byly bezpečně zjištěny na originále i na rentgenovém snímku.
Na základě uvedené konfrontace se žaltářem byl pak již bez větších potíží identifikován zbytek "kryptogramu" jako číslo příslušného žalmu a zkratka D, tj. David, což se opakovalo i u ostatních iniciál.
Zjištění, že odstraněný text byl textem žaltáře, vedlo k doměnce, že žaltář pokračoval i na stranách V-VIII RZ. Miniové majuskule však nenavazovaly na text zjištěného začátku šestého žalmu. Přepočtem a porovnáním se žaltářem zjistil dr. Šonka, kolik textu žaltáře se vejde na čtyři strany formátu sloupců RZ: vycházel z předpokladu, že zachované dvojlisty nemusí být úplnou původní složkou. Tím došel k nálezu, že mezi zachovanými dvojlisty jeden dvojlist původního žaltáře chybí a že majuskule za touto mezerou beze zbytku odpovídají žalmu devátému (počínaje veršem pátým) až desátému (až po verš 17). Na rozhraní žalmu devátého a desátého však chyběla iniciála U a příslušné záhlaví. Místo odstraněné iniciály a záhlaví se pomocí žaltáře dalo přesně zjistit a mikroskopický průzkum tohoto místa prokázal, že je na něm pergamen silně rozdrásán a že v rozškábaném povrchu jsou miniové zbytky, z nichž by se dal tvar U přibližně rekonstruovat. Ze záhlaví žalmu desátého zůstalo zachováno pouze písmeno V (viz Systematický popis nalezených skutečností, č.5).